こんにちは、たまごはん です。
この前、R の ggtree で系統樹を描く機会があったんですが、その際、描こうとするたびに R がクラッシュして一向に描けないということがありました。
結論から言うと、負の長さを持つ枝が含まれていたことが原因でした。負の長さとはいっても 10-16 くらいだったので、計算誤差によるものだと思います。
そこで無理やり 0 に押さえ込んだんですが解決せず、仕方ないとネットを漁りまくったところ、ようやく解決策を見つけました。
ggtree の引数に options(ignore.negative.edge=TRUE) を入れるだけです。
2〜3 時間も R と格闘してたあの時間はなんだったのか…。
やっぱりちゃんと調べなきゃですね。それでは。
